Oxford Nanopore og MATRIX samarbeider for å fremme forskning innen presisjonsonkologi

‍

Det første offisielle forskningssamarbeid mellom MATRIX og industrien vil utforske den kliniske verdien av Oxford Nanopores DNA- og RNA-sekvenseringsteknologi for presisjonsmedisin innen kreft.

Oxford Nanopore Technologies plc (Oxford Nanopore) og MATRIX kunngjør i dag et forskningssamarbeid for å utforske den kliniske verdien av nanoporesekvensering i presisjonsmedisin innen kreft.

Avtalen mellom Oxford Nanopore og MATRIX vil i første omgang fokusere på svulster i sentralnervesystemet og gjennomføres ved Oslo universitetssykehus under ledelse av professor og overlege Hege Russnes, som også leder den nasjonale infrastrukturen for presisjonsdiagnostikk (InPreD), i nært samarbeid med nevropatolog Pitt Niehusmann. Dette samarbeidet kommer til å fokusere på DNA-metyleringsbasert klassifisering av svulster i sentralnervesystemet, påvisning av somatiske og patogene kopinummervarianter samt tumorheterogenitet av genuttrykk, mutasjoner og fusjoner på enkeltcellenivå.

Sekvenseringsteknologien til Nanopore kan muliggjøre deteksjon av metylering og variasjon av kopiantall gjennom sekvensering av henholdsvis nativt DNA eller langleste fragmenter, og dette gir en enestående generering av bredt biologisk innhold i sanntid samt reduserer behandlingstiden for kliniske tester. All denne innsikten fås fra en enkelt sekvenseringskjøring, noe som gjør det mulig å strømlinjeforme fremtidige molekylære tester for visse kreftindikasjoner, for eksempel hjernesvulster der metyleringsbasert klassifisering er viktig både i diagnostisering og behandling.

Utprøvende behandling i kliniske studier basert på avansert molekylær diagnostikk er i Norge raskt i ferd med å bli standard for behandling av pasienter med aggressive kreftformer som vanskelig lar seg kurere. Sekvensering av DNA og RNA fra pasienters kreftsvulster kan avsløre en rekke genetiske avvik som åpner opp for bruk av mer målrettede legemidler og persontilpasset behandling.

Kreftpasienter som kan ha nytte av utprøvende behandling, kan i Norge få tilbud om molekylærgenetiske analyser av svulstvevet, og integrering av etablert diagnostikk og utprøvende behandling i det offentlige helsevesenet, er helsepolitisk forankret. Siden InPreD åpnet i april 2021, har over 1200 pasienter fått slike undersøkelser og ca. 1/3 av disse pasientene har fått tilbud om utprøvende behandling. MATRIX er et nytt tilskudd til det norske økosystemet innen presisjonsonkologi, som i tillegg til InPreD også inkluderer blant annet IMPRESS-Norway (nasjonal klinisk studieåpnet i 2021 som bidrar til målrettet kreftbehandling basert på presisjonsdiagnostikk og som inkluderer alle 17 sykehus med kreftavdelinger i Norge) og CONNECT (offentlig-privat partnerskap som driver implementeringen avmålrettet kreftmedisin).

I dette samarbeidet vil Oxford Nanopores PromethION 24-instrument bli benyttet, og denne har 24 uavhengige og adresserbare «high-output» flytceller. Nanopore-sekvensering gir skalerbare plattformer, og denne teknologien kan potensielt implementeres på tvers av de forskjellige sykehusene i Norge for å sikre at sekvensering utføres nær pasientene og at kliniske rapporter raskt kan returneres.

Gordon Sanghera, Administrerende Direktør ved Oxford Nanopore Technologies:

"Vi er veldig glade for å samarbeide med MATRIX for å kunne utforske den kliniske verdien av sekvenseringsteknologien til Nanopore innen presisjonsonkologi. Ved å lese det native DNAet, kan nanopore-sekvensering gi bredere innsikt i kreftgenomikk enn noen gang før, for eksempel innen metylering. Sammen med evnen til å sekvensere DNA-fragmenter av hvilken som helst lengde, forventer vi å avsløre ny biologisk innsikt som ikke har vært mulig å oppnå med andre sekvenseringsteknologier. Vi ser frem til å se resultatet av dette arbeidet og det fremtidige potensialet for å forbedre presisjonsmedisin innen kreft."

Professor Åslaug Helland, Direktør i MATRIX:

"MATRIX jobber kontinuerlig med å teste og utvikle nye, banebrytende molekylære, funksjonelle og kliniske analyser som vil forme neste-generasjons studier innen presisjonsmedisin. I denne sammenheng er vi svært glade for å inngå et forskningssamarbeid med Oxford Nanopore Technologies for å teste ut deres sekvenseringsteknologi innen dette feltet."

Professor Hege Russnes, MATRIXog leder av InPreD:

"Muligheten til å teste teknologien og analysene utviklet av Oxford Nanopore gjennom disse prosjektene, er veldig spennende for oss. Det er viktig å kunne bruke instrumentering både til forskning og diagnostikk da det gjør oss i stand til å flytte kunnskap og analyser til rutinemessig bruk når det er mulig. Det økende behovet for genominformasjon, som inkluderer epigenetikk, krever skreddersydde løsninger."

‍

Om Oxford Nanopore Technologies

Oxford Nanopore Technologies plc ble grunnlagt i 2005 som en spinn-off fra universitetet i Oxford, og selskapet har i dag mer enn 1000 ansatte innen en rekke fagområder. Selskapet har utviklet en ny nanopore-basert sanseteknologi som muliggjør lett tilgjengelige og skalerbare sanntids-analyser av DNA og RNA.

‍

‍

Bilde i fotogalleriet: IMPRESS-Norway ctDNA-teamet, fra venstre: Britina Kjuul Danielsen, Inger Riise Bergheim, Julie Monrad and Ingrid Dyvik.